Le statut de jeune entreprise innovante (JEI), le crédit d'impôt recherche (CIR) et le crédit d'impôt innovation (CII) restent des leviers majeurs pour les startups technologiques. Ce sont aussi des sujets de contrôle fréquents. La clé est la documentation.
La JEI en 2026
Une JEI est une PME de moins de huit ans qui consacre une part significative de ses charges à la recherche et au développement et remplit plusieurs conditions cumulatives. La loi de financement de la sécurité sociale pour 2025 a relevé le seuil de dépenses de R&D de 15 % à 20 % des charges à compter du 1er mars 2025. La loi de finances pour 2026 (loi n° 2026-103 du 19 février 2026) a prolongé le dispositif jusqu'au 31 décembre 2028 et créé une nouvelle catégorie, la jeune entreprise d'innovation à impact (JEII), destinée aux entreprises de l'économie sociale et solidaire.
L'avantage le plus utilisé est l'exonération de cotisations patronales d'assurances sociales et d'allocations familiales sur les rémunérations du personnel affecté à la R&D, dans certaines limites. En revanche, l'exonération d'impôt sur les bénéfices n'est plus ouverte aux JEI créées à compter du 1er janvier 2024.
Le CIR et le CII
Le CIR finance une partie des dépenses de recherche, le CII une partie des dépenses d'innovation des PME. Leurs taux et leurs assiettes ont évolué ces dernières années.
Sécuriser le dossier
Les redressements portent rarement sur le principe : ils portent sur la preuve. Un dossier solide décrit les projets, l'état de l'art, les incertitudes scientifiques ou techniques et la démarche suivie ; il rattache chaque heure valorisée à un projet, chaque dépense à une facture, chaque personne à une qualification. Il se construit au fil de l'eau, pas à la clôture.
Le rôle de l'expert-comptable
L'expert-comptable vérifie l'éligibilité, organise la collecte des temps et des dépenses, calcule le crédit et s'assure de sa cohérence avec la comptabilité et la paie. Il peut aussi alerter quand une condition de la JEI risque de ne plus être remplie à la clôture.
Questions fréquentes
Quel est le seuil de R&D pour être JEI en 2026 ? 20 % des charges, depuis le 1er mars 2025.
Le statut JEI existe-t-il toujours ? Oui, prolongé jusqu'au 31 décembre 2028 par la loi de finances pour 2026.
Sources
Éditions Tissot, « Définition de jeunes entreprises innovantes » : https://www.editions-tissot.fr/guide/definition/jeunes-entreprises-innovantes
URSSAF / les-aides.fr, « JEII : exonération de cotisations patronales » : https://les-aides.fr/aide/dig_3w/urssaf.jeii-exoneration-de-cotisations-patronales.pdf
Le Monde du Droit, « Suppression de l'exonération d'impôt sur les bénéfices en faveur des JEI » (article 69 de la loi de finances pour 2024) : https://www.lemondedudroit.fr/fiscal/309-fiscalite-des-entreprises/94295-suppression-de-l-exoneration-d-impot-sur-les-benefices-en-faveur-des-jei.html
